Крайова лікарня входить в число медичних баз Універсіади, включити її до цього переліку дозволило наявність в установі травматологічного, нейрохірургічного, опікового та судинного центрів. Проект реконструкції крайової лікарні був розроблений ще в 2011 році, але приступити до його реалізації змогли лише завдяки Універсіаді. 
Реконструкція клінічної лікарні - масштабний проект, після повного його завершення лікувального закладу повинно перетворитися на невеликий медичний місто. До Універсіаді буде виконана перша частина - побудований новий хірургічний корпус з 17 операційними і 15 хірургічними відділеннями, прийомним спокоєм, реанімацією, з'являться харчоблок і господарський корпус.
Згідно з проектом, новий хірургічний корпус являє собою три 9-поверхові будівлі, об'єднаних загальним 4-поверховим стилобатом. При його створенні орієнтувалися на європейські стандарти. Приймальний покій буде розділений на три частини: для прийому пацієнтів, які можуть самостійно пересуватися, лежачих хворих і пацієнтів реанімації.
Макет поточного стану крайової лікарні на початок 2018 року.
Так територія крайової лікарні повинна виглядати після повної реалізації проекту реконструкції.
На одному з наступних етапів реконструкції на місці старої будівлі легеневого корпусу, яке мають намір знести, з'явиться сучасна поліклініка. Створення парковки у лікарні поки не передбачено ні в першому, ні в другому етапі реконструкції.
«Це повинно бути сучасний лікувальний заклад, яке як мінімум 50 таких років не зажадає перебудов і ремонтів», - зазначив головний лікар крайової клінічної лікарні Єгор Корчагін.
Крайова лікарня стала одним з останніх об'єктів Універсіади, на яких почалися роботи. Підрядника повинні були вибрати на початку 2017 року, проте реконструкція почалася не відразу. Конкурс на контракт вартістю 4 млрд рублів проводили чотири рази, перш ніж змогли визначити підрядника . їм стала будівельна компанія «Сибіряк» . Згідно з умовами контракту, будівництво нового корпусу повинно завершитися в грудні 2018 року.
«Реконструкція йде за графіком, ризиків, що не встигнемо здати об'єкт, немає», - зазначив головний лікар крайової клінічної лікарні Єгор Корчагін.
Найближчим часом має бути оголошений конкурс на придбання медичного обладнання вартістю майже 2 млрд рублів. Йдеться про повній комплектації нового корпусу, починаючи від тумбочок та ліжок до суперсучасного обладнання: ангіографів, комп'ютерних томографів, обладнання для операційних.
До цього моменту на реконструкцію крайової лікарні з федерального бюджету виділено 5,8 млрд рублів і близько 1,5 млрд надійшло з регіонального бюджету.
Хірургічний корпус повинен бути побудований до кінця 2018 року.
