Основоположником музею на кафедрі патологічної анатомії був її завідувач професор А. Д. Бальзаментов. У вересні 1926 він підготував колекцію гістологічних та музейних препаратів для практичного курсу патологічної анатомії.
З перших днів створення музей є науково-дослідним і навчальним центром. Тут зібрані, зберігаються, вивчаються і експонуються матеріали, що відображають загальні патоморфологічні процеси, а також патологічні зміни при різних хворобах тварин.
Основний розвиток музей отримав в післявоєнні роки. Великий внесок вніс доцент А. І. Гаврилов. З 1947 по 1952 роки він працював деканом ветеринарного факультету. В цей період відбувалося відновлення кафедри, заново створювалися патологоанатомічний музей і гістологічна колекція. Кафедра підтримувала тісний зв'язок з виробництвом, прозектором і гістологічна лабораторія працювали з повним навантаженням. У 1956 році кафедру очолив професор Калінін А. С. Протягом десятиліття під його керівництвом йшло накопичення музейних препаратів, готувалися малюнки, слайди. У 1971 році завідувачем кафедри було обрано професора М.С. Жаков. В цей час була відкрита лабораторія електронної мікроскопії. Підготовлені навчальні посібники з загальної та спеціальної патологічної анатомії, опис музейних і гістологічних препаратів, створена велика кількість кольорових малюнків, таблиць, слайдів.
Сьогодні в патологоанатомічному музеї понад 1800 макропрепаратів, малюнків і слайдів. Експонати музею забезпечують дидактичним матеріалом усі теми загальної та спеціальної патологічної анатомії, допомагають студентам при вивченні предмета. Тут є гістоколлекція на 150 тем. Більше 100 препаратів - по хворобах коней, близько 600 - по хворобах бактеріальної, вірусної етіології великої рогатої худоби, стільки ж по хворобах свиней. Широко представлені препарати з хвороб птахів - 182; собак - 42; кіз - 14; овець - 35; кроликів - 17.
Співробітники кафедри постійно ведуть збір матеріалів для поповнення та оновлення фонду музейних експонатів. Належним чином обробляються і дбайливо зберігаються всі матеріали, що надійшли, забезпечується їх облік. Музейний матеріал ретельно вивчається, систематизується і розподіляється для використання і зберігання. Експонати, не використані в експозиціях, зберігаються окремо в систематизованому вигляді і необхідних умов, що гарантують їх збереження.
